1541–1546: onder graaf Conrad van Tecklenburg
Graaf Nicolaas IV overleed in 1541. Zijn neef, graaf Conrad van Tecklenburg, volgde hem op als heer van Lingen.
Ondanks deze verandering bleef Alef deel uitmaken van het bestuur. Zijn positie veranderde wel: hij verloor een deel van zijn eerdere bevoegdheden, maar bleef werkzaam als landrechter en houtvester, verantwoordelijk voor de grafelijke bossen en jacht.
Conrad was luthers en voerde de Reformatie in zijn gebieden in. Daarbij nam hij maatregelen tegen katholieke instellingen en bezittingen.
Conrad gedroeg zich bovendien steeds agressiever tegenover zijn buren. De conflicten bleven niet zonder gevolgen voor Alef. Na een mislukte strafexpeditie in opdracht van Conrad werd in de tegenaanval Alefs huis in Freren geplunderd.
1546-1563: Habsburgse heren
In 1546 sloot Conrad zich aan bij de Schmalkaldische Bond, het verbond van protestantse vorsten en steden. Karel V verklaarde hem daarop in de rijksban en nam zijn bezittingen in beslag. Een leger onder leiding van Maximiliaan van Egmond, graaf van Büren, veroverde het gebied in enkele weken. Als beloning beleende Karel V Maximiliaan van Buren met het graafschap Lingen. Daarmee werd hij de nieuwe landsheer van Lingen.
Waarschijnlijk legde Alef, zoals gebruikelijk bij een dergelijke machtswisseling, een eed van trouw af aan de nieuwe heer. Hierdoor kon hij werkzaam blijven binnen het bestuursapparaat. Alef werd benoemd tot landrechter van Freren en gograaf van Thuine.
Twee jaar later, in 1548, overlijdt de graaf van Buren al. Over zijn opvolging is een tijdlang juridische strijd. Ondanks protest van graaf Conrad van Tecklenburg wijst keizer Karel het leengoed Lingen in 1550 toe aan Anna, de dochter van de Graaf van Buren. Als zij een jaar later trouwt met prins Willem van Oranje, de voorvader van koning Willem-Alexander van Nederland, koopt keizer Karel V het leengoed terug.
Wederom krijgt Alef een nieuwe baas: graaf Jan van Arenberg, stadhouder van Friesland, Overijssel, Groningen en Drenthe voor Maria van Oostenrijk, landvoogdes van Nederland en zus van de keizer. Alef’s functie wordt nu houtvester of houtrechter, verantwoordelijk voor het beheer van de bossen in het land van Lingen.
De relatie met graaf van Arenberg verslechtert waarschijnlijk snel. Alef pacht op 4 maart 1552 een viswater. Kort voor de verpachting laat de graaf alle vis vangen. Alef voert een proces en wint dit in 1555. Mogelijk verklaard dit waarom de graaf acht jaar later Alefs zoon Jan niet als houtvester benoemt.
In 1555 droeg keizer Karel V de regering van Nederland, inclusief het graafschap Lingen, over aan zijn zoon Filips in Brussel. Vier jaar later later droeg deze het bestuur over aan zijn halfzuster, Margaretha van Parma. Voor Alef verandert niet veel. Hij blijft houtvester, nog steeds onder graaf van Arenberg.
Financieel gaat het goed met Alef. Als houtvester ontvangt hij een derde van de geldboetes en 10% van de houtkap. Met dat inkomen kon hij zelf vermogen opbouwen en leningen verstrekken aan adellijke families, waaronder de Budde van Hange en Heinrich von Snetlage.
Een lange loopbaan
In 1562 legt Alef een getuigenis af waarin hij zijn loopbaan beschrijft: Alef Kloppenborg, een vrije man, oud meer dan zeventig jaar, getuigt en bekennt onder ede, die hij aan de keizerlijke en koninklijke majesteit heeft afgelegd, dat het meer dan tweeënveertig jaar geleden is dat hij voor het eerst in dienst trad bij graaf Claus van zalige gedachtenis op het huis Linge. Zo is hij drieëntwintig jaar lang landrichter van zijn genade geweest en daarna dienaar van graaf Conrad en de heren van Buren, en ook van de koninklijke majesteit.
De gezondheid van Alef verslechtert. In juni 1562 is hij te ziek om het gerecht voor te zitten. Hij overlijdt in januari 1564.
Alef had gedurende zijn loopbaan onder katholieke, lutherse en opnieuw katholieke machthebbers gediend. Terwijl landsheren elkaar bevochten en religieuze tegenstellingen het politieke landschap ingrijpend veranderden, wist hij zijn positie grotendeels te behouden. Daarmee bleef hij deel uitmaken van de regionale elite en legde hij een economische en maatschappelijke basis waarop ook zijn kinderen en latere generaties konden voortbouwen.
->->-> graaf Nicolaus IV ->-> economische activiteiten